Teito Klein, en ung mann med en dyster bakgrunn som foreldreløs og slave, lengter etter å legge fortiden bak seg og avslutte militærakademiet i Barsburg sammen med sin beste venn, Mikage. Imidlertid, når han tilfeldig overhører en statlig hemmelighet, blir det vekket minner som tvinger ham til å flykte fra imperiet han en gang ønsket å beskytte. I et desperat sprang for å redde seg selv, forlater Teito Mikage og søker tilflukt i Barsburg-kirken. Der, under veiledning av de tre biskopene, begynner han å avdekke sin skjebne i historien som omhandler en ond gud, syv spøkelser, to rivaliserende imperier, samt hans egen hemmelighetsfulle fortid. Teitos reise er ikke bare en flukt, men en spennende oppdagelse av hans plass i en større og mer komplisert konflikt.