Etter å ha beseiret den monstrøse trusselen som nesten ødela den særpregede verden, er Jacob Portman tilbake der historien hans begynte, i Florida. Nå er Miss Peregrine, Emma og deres særegne venner med ham, og de gjør sitt beste for å tilpasse seg det normale livet. Men de bekymringsfrie dagene med strandbesøk og normaliseringsleksjoner blir snart avbrutt av en bemerkelsesverdig oppdagelse – en underjordisk bunker som tilhørte Jacobs bestefar, Abe. Ledetråder til Abes dobbeltliv som en særpreget agent begynner å åpenbare seg, hemmeligheter som i lang tid har vært skjult i åpen sikt. Jacob begynner å forstå den farlige arven han har arvet – sannheter som var en del av ham lenge før han trådte inn i Miss Peregrines tidsløkke. Nå er innsatsen høyere enn noen gang, når Jacob og vennene hans kastes inn i det villfarne landskapet av amerikansk særpreg – en verden med få ymbrynes og få regler, som ingen av dem forstår.
