Løytnant Selene Genji står overfor sin største utfordring i et episke science fiction-eventyr, hvor hun har en siste sjanse til å redde Jorden fra undergang. Handlingen finner sted i året 2180, hvor Selene, genetisk modifisert med delvis fremmed DNA, skiller seg ut fra vanlige mennesker. Hennes unike tilstand fører til at hun opplever diskriminering og fordommer fra samfunnet, men hun har brukt hele livet sitt på å kjempe mot disse fordommene ved å tjene i den Unified Fleet, midt under en sosial oppløsning og krig. Genji er stasjonert ombord på et skip i bane rundt Jorden når intensiteten av menneskelig fanatisme på planeten når sitt klimaks, og hun blir vitne til Jordens totale ødeleggelse. Når de enorme kreftene sluppet løs av denne katastrofen vrir rom og tid, sending henne tilbake med førti år, får Selene en mulighet til å endre fremtiden og redde Jorden - hun må begynne med det utenomjordiske førstekontakten som bare hun er klar over står for døren. I året 2140 er løytnant Kayl Owens skip på rutinemessig patrulje når et fragment av romfartøy dukker opp og endrer alt.
