Handlingen i After Dark er konsentrert til en natt i Tokyo ¿ fra kl. 23:56 til 6:52. I sentrum er to søstre ¿ Eri, den vakre modellen som har ligget i en merkelig søvn i flere måneder, og Mari, en ung student som sitter og leser på en anonym restaurant. En ung jazztrombonist slår seg ned ved Maris bord, før han må videre for å øve med bandet sitt. Senere på natten blir hun trukket inn i et drama på et kjærlighetshotell, der en kinesisk prostituert er blitt banket opp. På et kontor i en stor bygning gjør overgriperen seg klar for å dra hjem til sin kone etter endt nattarbeid. I Eris soverom skrur tv-en seg på og sender ut mystiske signaler.<br
