Tretti år etter at gudene ødela Tokyo og forlot byen i ruiner, står overlevende overfor en tilsynelatende umulig oppgave: Hvordan kan man drepe en gud? Japan har blitt invadert av guder som har etterlatt seg død og ødeleggelse. Hele byer er nå klassifisert som ubeboelige fareområder. Forskeren Sachiyuki Tokinaga har imidlertid besluttet å finne en måte å beseire gudene på og redde menneskeheten. Når Schuch Tokinaga snubler over den unge videregående studenten Waka Kamikura, oppstår det kanskje et samarbeid som kan forandre verdens skjebne for alltid. Waka, som desperat søker etter svar om vennens forsvinning, våger seg inn i yrens fareområde i håp om å finne ledetråder. Der møter hun Tokinaga, som jobber ved Det anti-gud vitenskapelige forskningsinstituttet. Mens Waka vurderer om hun kan stole på Tokinaga, innser han raskt at hun skjuler en farlig hemmelighet - en hemmelighet som kanskje er nøkkelen til å utrydde gudene en gang for alle.
