I 1300-tallets Egypt er den erfarne 获腾assi El Cakr på jakt etter å returnere den mystiske Scepter of Aset til Brotherhood. Men når scepteret blir stjålet av en gåtefull kvinne ved navn Leila, settes en kjede av begivenheter i gang som fører til dramatiske konsekvenser. Syv århundrer senere er El Cakrs etterkommer, Jonathan Hawk, fast bestemt på å gjenvinne relikvien, noe som resulterer i et avgjørende oppgjør mellom Assassins og Tempelriddere. Dette markerer den storslåtte finalen i Assassin's Creed sine egyptiske sagaer!
