Året 2014 ble California rammet av den største og dødeligste utbruddet av kikhoste på mer enn femti år. Dette tragiske utfallet kunne vært unngått, ettersom det har vært en effektiv vaksine tilgjengelig siden 1940-tallet. I de senere år har også andre sykdommer, som meslinger og kusma, gjort comeback. Årsaken til disse epidemiene kan spores tilbake til en gruppe mennesker hvis talspersoner, til tross for motstridende bevis, hevder at vaksiner er giftige. Som en konsekvens av dette velger foreldre og omsorgspersoner å avvise vaksiner for seg selv og sine familier. I 'Deadly Choices' undersøker infeksjonsmedisinsk ekspert Paul Offit hva som skjer bak kulissene i antivaksinasjonsbevegelsen. Det han avdekker fungerer som en påminnelse om kraften i vitenskapelig kunnskap, samt farene vi utsetter oss for hvis vi velger å ignorere den.