I 1974, i Cherokee-nasjonen i Oklahoma, vokser den femten år gamle Justine opp i en familie preget av sterke, komplekse og lojale kvinner, ledet av hennes mor, Lula, og bestemor. Etter at Justines far forlot familien, blir Lula en hengiven medlem av Holiness-kirken, et samfunn som Justine til tider opplever som kvelende og skremmende. Likevel gjør Justine sitt beste som en pliktoppfyllende datter, frem til et voldsomt overgrep fører henne inn på en annen vei i livet. "Crooked Hallelujah" forteller historien om Justine, en blandingsblod Cherokee kvinne, og hennes datter, Reney, når de forlater den østlige delen av Oklahomas indianerland i håp om å starte et nytt og mer stabilt liv i Texas under oljekrisen på 1980-tallet. Livet i Texas viser seg imidlertid å være utfordrende, og Reney føler seg fortapt.