Boken "Black Flags" utforsker opprinnelsen til den militante islamske ideologien som senere førte til opprettelsen av ISIS. Historien tar oss med til et avsidesliggende fengsel i Jordan, hvor de tidlige frøene til denne farlige bevegelsen ble sådd. Gjennom de intense overbevisningene til Abu Musab al-Zarqawi og de strategiske feilene begått av vestlige regjeringer, har denne ideologien spredd seg og utviklet seg til å bli en av verdens største trusler. Forfatteren avdekker hvordan kombinasjonen av ideologisk iver og politisk feilvurdering har muliggjort at ISIS kunne heise sitt flagg over store områder av Syria og Irak.