I "Blame! 2" fortsetter eventyret med Kyrii og Cibo når de blir kontaktet av Administrasjonen. De oppfordres til å fortsette jakten på Net Terminal Gene, en essensiell komponent som kan stoppe den kaotiske veksten av byen. Administrasjonen gjør dem klart at de også må være forsiktige med de autonome Safeguards, aggressive skapninger som er programmert til å eliminere alle mennesker som prøver å få tilgang til Netsphere uten den nødvendige Net Terminal Gene. Når Kyrii blir angrepet, får han hjelp fra en gruppe mennesker som har bosatt seg på kanten av Toha Heavy Industries. Etter å ha våknet fra angrepet, oppdager Kyrii at han har fått en ny evne til å oppfatte omgivelsene sine, noe som gir ham bare sekunder til å forsvare seg mot en angriper som skjuler seg blant bosetterne. I løpet av kampen må Cibo gjøre et stort offer, men ikke før hun avdekker en sjokkerende sannhet om sin reisefølge.
