Jason Bourne er tilbake. Etter at hans kone ble et av mange ofre under landets verste masseskyting, er Bourne overbevist om at det er mer bak hendelsene enn det myndighetene ønsker å avdekke. Han har en ubehagelig følelse av at den hemmelige instans som trente og formet ham, er involvert i en dypere konspirasjon. For å avdekke sannheten forlater han Treadstone og begir seg ut på en ny oppdrag: å infiltrere og avsløre den skyggefulle anarkistgruppen Medusa. Men situasjonen kompliseres når en kongresskvinne blir myrdet i New York, og agentene er raskt ute etter Bourne. Alene og på flukt må han finne en alliert for å holde seg ett skritt foran sine fiender i en intens kamp for å avdekke sannheten og overleve.
