Rin Okumura og klassekameratene hans, som studerer til å bli eksorsister, befinner seg midt i en hemmelig krig mot mørkets krefter. Oppvokst av Far Fujimoto, en berømt eksorsist, har Rin alltid levd i uvisshet om sin ekte far. En dag fører en skjebnesvanger krangel med Far Fujimoto til at Rin konfronterer en forferdelig sannhet: Blodet til demonherren Satan renner i årene hans! Fast bestemt på å overvinne Satan, må Rin melde seg inn på den mystiske True Cross Academy for å bli en eksorsist. Under Edo-perioden drepte en demon, kjent som den Urent Konge, tusenvis av mennesker. Etter å ha beseiret demonen, sørget Ridderskapet av Det Sanne Kors for å forsegle dens venstre øye på akademiets grunn, men nå er det blitt stjålet! Da de får høre at tyven har tatt en liten gutt som gissel, drar Yukio og Rin for å hjelpe. Etterforskningen og forfølgelsen fører Rin og vennene hans til Kyoto, der de vikles enda dypere inn i en sinister plan. Men vil kunnskapen om at Rin er Satan sin sønn skape avstand mellom ham og vennene hans?
