Den skjulte historien om Unifikasjonskrigen og feilene kaptein Malcolm Reynolds har holdt hemmelig for sin besetning, avsløres når Mal og hans første offiser Zoe endelig blir kalt til å konfrontere sine lovbrudd. Fra Joss Whedon, kjent for verk som Buffy - vampyrenes heltinne og Marvel’s The Avengers, innledes en ny æra for Firefly, der den definitive historien om Unifikasjonskrigen endelig blir fortalt! Besetningen ombord på Serenity er delt, ettersom kaptein Malcolm 'Mal' Reynolds og hans første offiser Zoe Washburn blir arrestert for handlinger begått under Unifikasjonskrigen, og de tvinges hver for seg til å velge en side. Men Mal og Zoe er ikke klare til å gi opp uten kamp. Etter å ha rømt fra Unifikatorene – dusørjegere sendt av myndighetene for å bringe dem til retten – finner de seg strandet på en avsidesliggende planet, hvor de kun har hverandre og minnene om sine mange feilgrep som selskap. Krig kan gjøre skurker av selv de beste menn, og deres søken etter tilgivelse vil sette dem i konflikt med sine tidligere allierte.
