I "Boys Run the Riot" møter vi Ryuu, en transgender tenåring som finner en flukt fra hverdagslivets forventninger og bekymringer gjennom gatekultur og mote. Denne personlige og gripende fortellingen fra en japansk transgender manga-skaper er helt unik, og presenteres i to ekstra store bind på til sammen 400 sider. Ryuu går på videregående skole og er klar over sin identitet som transgender, men mangler noen å betro seg til om forvirringen han opplever. Han kan ikke dele sine tanker med sin beste venn, som han har en hemmelig forelskelse i, eller sin mor, som stadig spør hvorfor han alltid kler seg «som en gutt». Ryuu føler seg mest avslappet når han ifører seg sine favorittklær, og i disse øyeblikkene kan han være sitt sanne jeg, fri fra samfunnets press. En dag mens han er ute og handler, får han seg en overraskelse: Jin, den nye eleven som så tøff ut i klassen, handler for de samme klærne ryuu elsker. Dette setter i gang en utvikling av vennskap og selvoppdagelse.