Ryo er en high school-elev som er klar over sin transgender identitet, men føler seg alene i sin indre kamp. Han har ingen å betro seg til om de forvirrende følelsene han opplever. Den beste vennen hans, som han har et hemmelig crush på, kan han ikke fortelle om sin situasjon, og moren hans undrer seg stadig over hvorfor Ryo alltid kler seg 'som en gutt'. Den nye eleven Jin, som først ga inntrykk av å være en typisk mobber, viser seg å være mer kompleks enn som så. Ryo føler seg kun komfortabel når han ifører seg sine favorittklær, som gir ham muligheten til å slippe frykten og være sitt sanne jeg. En uventet hendelse inntreffer når Ryo ser Jin i butikken, iført klærne han selv elsker. Til Ryos overraskelse foreslår Jin at de sammen kan starte sitt eget klesmerke og skape klær som virkelig representerer dem. "Boys Run the Riot 3" utforsker temaer om identitet, vennskap og mot i en spennende og gripende fortelling.
