Naturlig filosofi omfattet alle fenomener i den fysiske verden. Den søkte å avdekke de fysiske årsakene bak naturlige effekter, uten å fokusere på matematikk. I kontrast til dette var de eksakte matematiske vitenskapene snevert begrenset til ulike beregninger som ikke involverte fysiske årsaker, og fungerte helt uavhengig av naturlig filosofi. Selv om det begynte å skje endringer mot slutten av middelalderen, fant en mye grundigere sammensmelting av naturlig filosofi og matematikk sted i det 17. århundre, noe som muliggjorde den vitenskapelige revolusjonen. Tittelen på Isaac Newtons storverk, 'De matematiske prinsippene for naturlig filosofi', gjenspeiler perfekt det nye forholdet mellom disse disiplinene. Naturlig filosofi ble kalt 'Den store mor til vitenskapene', som på 1800-tallet hadde nærmet seg de mange kjemiske, fysiske og biologiske vitenskapene til modenhet, og dermed muliggjorde at de kunne frigjøre seg fra 'Den store mor' og utvikle seg som et mangfold av uavhengige fagområder.
