I 'Skjult trussel' konfronteres vi med spørsmålet om hva som skjer med gode mennesker når de står overfor ondskapens ansikt. Will Trent, en politimann med en kompleks fortid, tar på seg en undercover-operasjon der han utgir seg for å være en hardhendt eksfange. Hans oppdrag fører ham tettere sammen med en sliten narkolanger som ser potensialet i Will som en pålitelig partner. Samtidig som Will navigerer i en farlig verden, er han avskåret fra den kvinnen han elsker, Sara Linton, og opplever hvordan fortidens demoner gnager på ham. Uvitende om hvor Will befinner seg eller hvorfor han er fraværende, finner Sara seg selv i samme by — en by som nå er preget av vold, etter at en politimann er blitt skutt. Det som begynner som en tilsynelatende tilfeldig sammenkomst, utvikler seg til en kompleks intrige der deres liv sakte men sikkert veves sammen. De to etterforskningene, som på overflaten virker adskilte, kulminerer i et nervepirrende klimaks som vil sette både Will og Sara på prøve i møte med sine største frykter.
