I Capitol City finnes det et naturhistorisk museum som sies å være hjemsøkt, men kanskje er det bare noen som ønsker at folk skal tro det. Wilson Kipper, sønnen til museets leder for paleontologi, vet imidlertid bedre. Når de mystiske hendelsene går fra å være skumle til å utgjøre en reell fare, tvinges museet til å stenge dørene. Klarer Wilson og vennene hans å løse dette museets mysterium, eller vil Naturhistorisk museum være stengt for godt?
