I 'Dr. Stone 13' fortsetter det spennende eventyret i en verden hvor all menneskelig sivilisasjon er blitt forvandlet til stein. Senku og vennene hans står overfor nye utfordringer og farer når de prøver å gjenoppbygge sivilisasjonen fra grunnen av. Med sin enestående kunnskap om vitenskap og teknologi, jobber Senku utrettelig for å bringe menneskeheten tilbake til livet. I denne delen av serien møter vi nye allierte og konfronterer både gamle og nye fiender, noe som setter vennskap og lojalitet på prøve. Samtidig som vitenskap og oppfinnelse står i sentrum, gir 'Dr. Stone 13' leseren muligheten til å utforske dybden av menneskelig resiliens og ungdommelig innovasjon i møte med de mest uventede hindringer.