Kan detektiv Conan løse mysteriet... mens han er fanget i kroppen til et barn? Når den talentfulle høyskoledetektiven Jimmy Kudo blir utsatt for et mystisk stoff av en gruppe skumle menn i svarte dresser, skjer det utrolige: han forvandles fysisk til en førsteklassing. I jakten på en kur for sin miniaturetilstand tar Jimmy på seg psevdonymet Conan Edogawa, og fortsetter å løse alle sakene som krysser veien hans. I denne utgaven, 'THE SIGN OF THREE', blir situasjonen dramatisk når en tabloidforlegger blir myrdet. Den største utfordringen kan vise seg å være å finne noen som ikke ønsker ham død. Et kaldt tilfelle tar brått fyr når et lik blir oppdaget med symbolet for 'død' skrevet i nærheten. Under en campingtur, når Junior Detective League snubler over en forbrytelse, risikerer Anita å avsløre sin hemmelige identitet. mens han løser disse sakene, møter Conan tre mistenkelige karakterer: den overlykkelige naboen Subaru Okiya, den entusiastiske unge privatdetektiven Toru Amuro og tenåringsdetektiven Masumi Sera. Hvem av dem er mannen (eller kvinnen) i svart med kode navnet Bourbon?
