I det attende århundrets Portugal sliter femti tusen arbeidere med å frakte stein på ryggen over fjell for å bygge kongens kloster. Parallelt i dette samfunnets skygger, utvikler en heretisk prest en magisk flyvemaskin kjent som Passarola. Midt i dette historiske kaos drømmer to elskende om å fly, noe som skiller dem ut i en tid preget av undertrykkelse og drømmer om frihet.