I 1903, 22 år etter at sognepresten Kai Schweigaard returnerte til Butangen med Astrid Heknes nyfødte sønn, Jehans, bærer hans fortid på skuldrene som en tung byrde. De tidligere handlingene hans har hatt fatale konsekvenser, og de betydningsfulle kirkeklokkene, som en gang var et symbol på byens samhold, er nå delte. Disse klokkene ble støpt til minne om de legendariske søstrene i Astrids familie, og Kai er besatt av å finne et gammelt billedteppe som søstrene laget i håp om at det kan gi ham svar på hvordan han kan gjøre opp for sine synder og gjenforene klokkene. Samtidig lever Jehans under trange kår på en liten gård, etter å ha blitt utstøtt fra sin egen familie. Jakten på frihet fører ham til de ville fjellområdene nær Butangen, hvor han finner glede i fiske og rensdyrjakt. Men etter å ha drept et majestetisk rensdyr en augustmorgen, krysses hans vei med en mystisk jæger, noe som forandrer hans liv for alltid. "Skæbnens blå tråde" er en storslått fortelling som utforsker overgangen i Norge mot en ny tid, og tar for seg temaer som skogrydding og livets skjebner.