Etter å ha unnsluppet grepene til Irinas organisasjon, befinner XIII seg på rømmen i Amerika. Likevel er han fortsatt jaktet av både Giordinos NSA og Irinas fremste leiemorder, Jessica. I sitt forsøk på å komme seg tilbake til vennene i San Miguel, må han navigere gjennom en rekke farer, unngå kuler og overvinne forskjellige feller og bakholdsangrep. Med oddsene mot seg må han stole på hjelpen fra en fiende og la sin egen raseri vokse mot de stadig gjentagende angrepene.
