I "The Magician's Diary" følger vi India og Matt, som trodde alle deres problemer ville løse seg når de fant Chronos, den mystiske klokkefixeren. Men den kloke magikeren fører med seg flere spørsmål enn svar, samt en hel del problemer. For å reparere Matts magiske klokke må de finne en gammel dagbok som en gang tilhørte en magikerlege som ble myrdet for flere tiår siden. Jakten fører dem inn i en uoversiktlig mystikk som involverer to av Londons håndverkerlaug. Med både gamle og nye fiender som er fast bestemte på å stoppe dem, og med skjulte hemmeligheter som kommer for dagen, må Matt og India samarbeide som aldri før. Men når årsaken til Indias uvanlig sterke magi blir avdekket, ønsker hun å trekke andre magikere ut i lyset, mens Matt ønsker å skjule magien for å beskytte henne. Hennes plan mislykkes, hans plan faller i grus, og faren banker på døren deres.
