Kiku's Prayer forteller historien gjennom Kikus øyne, en selvsikker ung kvinne fra en landsby i Japan. Hun faller pladask for Seikichi, en hengiven katolikk i en tid der troen hans er nektet av myndighetene. Seikichi blir fengslet, men han lar seg ikke knekke, selv under tortur, og nekter å fornekte sin tro. Kikus kamp for å forene sine følelser for Seikichis religion med de ofrene hun må gjøre for å bevare ham, speiler de smertefulle og motstridende valgene som Japan sto overfor i møte med modernitet og vestlig påvirkning. Seikichis forfølgelser illustrerer Japans usikkerheter, mens Kikus pliktskyldige, men likevel bestemte ånd representerer nasjonens motstandsdyktige sjel. Handlingen finner sted i de turbulente årene fra shogunatet til Meiji-restaureringen, og gir et sterkt innblikk i temaene som preger Endo Shusakus arbeid, som religion, modernisering og menneskets utholdenhet. Men denne romanen er mer enn bare en historisk allegori; den skildrer en kvinnes turbulente møte med lidenskap og spiritualitet på en gripende måte.
