Rafe Khatchadorian vender tilbake til stedet der hans uheldige eventyr startet: den fryktede Hills Village Middle School, hvor han nå er nødt til å ta 'spesielle' klasser. I tillegg blir han med på skolens fotballag, samtidig som han må forholde seg til sin største plageånd, Miller the Killer! Men Rafe har store planer om å gjøre dette til et bedre skoleår og er fast bestemt på å snu floken til sin fordel.
