Femten år gamle Emmalynn Marie er datteren til Amerikas mest ettersøkte trollmann, Tristan Atera. I en verden der magi er strengt forbudt og jaget med lys og lykte, er Emma fast bestemt på å skjule sin identitet. Den eneste muligheten hun har for å beskytte seg selv er å bli en del av Callistro Academy, en eksklusiv internatskole for jenter som tidligere har utdannet hemmelige agenter som jaktet på hennes folk. Men planene hun og vennene hennes hadde for skoleåret blir snart knust da en gruppe med Grand Hunters oppdager Emma allerede på den første skoledagen - og de begynner å mistenke hvem hun virkelig er. Etter hvert som mistenksomheten vokser og myndighetene nærmer seg, blir Emma trukket dypere inn i en krig hun er skjebnet til å kjempe. Hun innser snart at selv hennes allierte og de farligste fiendene har hemmeligheter som kan være like dødelige som hennes egne. Emma må kjempe for å beskytte sitt mørkeste hemmelighet før familien hennes – og hennes folk – betaler den ultimate prisen.
