Kōan er en gåtefull eller paradoksal spørsmål som bryter med logikk og tvinger deg til å se bort fra tradisjonelle tankemønstre. Denne metoden oppfordrer deg til å bruke din fantasi og intuisjon for å oppnå svar som kan forandre din oppfatning og bringe deg nærmere opplysning. Et klassisk eksempel på en kōan er: 'Hva er lyden av en hånd som klapper?' Ved første øyekast fremstår dette som nonsens, ettersom logikk tilsier at det kreves to hender for å lage en lyd. Det har blitt funnet mange 'korrekte' svar, men det er en feil å anta at det kun finnes ett rett svar; faktisk er det mange mulige svar. Noen hevder at lyden er den samme som når to hender klapper, mens andre mener at svaret ligger i å utvide hånden ikke-verbal til spørsmålsstilleren, og således invitere til en gjensidig klapping. Gjennom arbeidet med kōaner går du gjennom en prosess der du anerkjenner at logikk, selv om det er nyttig, setter grensene for tankene dine i en boks med begrensede alternativer. Innen Zen blir du invitert til å erkjenne at den eneste veien ut av denne boksen er å endre paradigmet.