I 2001 besluttet Hellboy seg for å forlate B.P.R.D., og etterlot seg Abe Sapien, Liz Sherman og en rekke besynderlige spesialagenter for å beskytte verden mot okkulte trusler og den stadig voksende trusselen fra froskearmeen. I "Plague Of Frogs", som gikk parallelt med andre bind i B.P.R.D.-serien, utforskes skjebnen til enheten etter Hellboys avgang. Boken avdekker hemmelighetene rundt Abe Sapiens opprinnelse og igangsetter krigen mot froskene.