Hajime Hinata, en elev ved Hope's Peak Academy, står overfor en uventet utfordring. Han er blitt akseptert til denne prestisjetunge skolen, kjent for å ta inn de mest talentfulle ungdommene i landet, men han husker ikke hva hans spesielle ferdighet er. Når han og klassekameratene får en sjokkerende overraskelse i form av en sommerferie på den tropiske Jabberwock Island, ser det ut som om de har fått en flott mulighet til å nyte livet. Men idyllen blir raskt overskygget av en mørkere hemmelighet. Den sultne og manipulerende bjørnen Monokuma, deres dystopiske rektor, stiller dem et grufullt ultimatum: For å kunne reise hjem igjen må de begå mord på en av sine medelever og unngå å bli oppdaget. Når det er tid for de intense rettssakene, må de overleve å konfrontere hverandre med skjulte sannheter og morderiske hemmeligheter. Dette er en nervepirrende fortelling der vennskap og tillit settes på prøve i kampen for overlevelse.
