Danganronpa: The Animation Volume 3 tar leserne med tilbake til det intense miljøet på Hope's Peak Academy, hvor kampen for liv og død fortsetter i et nervepirrende rettsspill. Makoto og Kyoko samarbeider i et forsøk på å bevise Yasuhiro's uskyld, samtidig som de står overfor utfordringen med å få Celestia dømt i den nyeste runden av klasseprøvene. Gjennom etterforskningen oppdager Makoto at en av klassekameratene hans er tvunget av Monokuma til å spionere på dem. Dette vekker spørsmålet om han skal avsløre denne hemmeligheten for de andre, eller om han bør vente og se hva spionen har planlagt, som kan bli en skjebnesvanger handling. Boken er fylt med intriger, drama, og uventede vendinger som vil holde leserne på kanten av setet.