I en framtid der Sybil-systemet styrer samfunnet, må inspektører bekjempe kriminalitet basert på en enkelt nummerering som vurderer individers kriminelle tendenser og deres nytteverdi for samfunnet. Inspectors Shinya Kogami og hans team i Seksjon 3 oppdager en urovekkende nettverk av organhandel, der en kunstig organ med et unik nummer blir nøkkelen til å løse saken. For å fange den ansvarlige bak dette omfattende smugleriet, planlegger de en intrikat felle. Men etter hvert som etterforskningen skrider frem, avsløres det at den egentlige synderen kanskje ikke er den de først mistenkte. Med spenning og uventede vendinger, utfordres Kogami til å navigere gjennom en kompleks verden der ingenting er slik det ser ut.
