I 'Doctor Aphra' møter vi Dr. Chelli Lona Aphra, en uregjerlig arkeolog med spesialisering i kriminell xenoarkeologi. Hun har en tendens til å ignorere lover, kjenne ingen frykt og operere uten hensyn til konsekvenser. For Aphra er ikke de galaktiske reliquiene hun avdekker ment for museer, men derimot for hennes egen arsenal. Denne perspektiven har ført til en rekke misforståelser gjennom hennes eventyr. Etter at hennes siste plan har gått fryktelig galt, står hun overfor konsekvensene av sine handlinger. I et uventet øyeblikk redder selveste Darth Vader, skrekkens mester i galaksen, livet hennes. Selv om hun ikke er utakknemlig, innser hun at hennes nye sjef er en Sith-lord, og at hun kanskje bare har blitt en brikke i et dødelig spill hvor også Den Galaktiske Keiseren er en sentral aktør. Hennes livs forventning står på spill, og hun må navigere i det farlige spillet mellom mørkets krefter mens hun kjemper for å overleve.
