Tenk deg å våkne opp til en verden der alle mennesker har blitt mystisk forvandlet til stein. En skjebnesvanger dag ble hele menneskeheten til stein, og tusenvis av år senere klarer Taiju å frigjøre seg fra denne petrifikasjonen, bare for å oppdage en verden fylt med statuer. Situasjonen ser dyster ut, men håpet tennes når han møter sin vitenskapelig interesserte venn, Senku! Sammen har de en ambisiøs plan om å gjenoppbygge sivilisasjonen ved hjelp av vitenskapens kraft. Den nye oppdagelsen av luftballongen gir Senku og vennene hans muligheten til å lage nøyaktige kart over omgivelsene. Med flere allierte enn noen gang, igangsetter Kunnskapsriket en matrevolusjon for å skape velsmakende og holdbart brød som skal mette hele kongeriket. I løpet av en test av sin nye motorbåt i de nærliggende farvannene, snubler de over en kryptisk melding. Kan det være andre som har overlevd petrifikasjonen?
