Forestill deg å våkne opp i en verden der alle mennesker mystisk har blitt forvandlet til stein. En skjebnesvanger dag ble hele menneskeheten til stein. Flere tusen år senere klarer Taiju å frigjøre seg fra denne petrifiseringen, men finner seg selv omgitt av statuer. Situasjonen ser dyster ut – helt til han møter sin vitenskapsinteresserte venn Senku! Sammen legger de en plan for å gjenopprette sivilisasjonen ved hjelp av vitenskapens kraft. Når de ankommer en primitiv landsby, setter Senku i gang med å rekruttere landsbyboerne for å hjelpe ham med å bygge opp en ny sivilisasjon basert på vitenskap. Hans første mål er en ung, nysgjerrig landsbyboer ved navn Chrome, som Senku vinner over etter å ha beseiret ham i en intellektuell duell. Deres første store oppgave? Å finne en kur for Kohakus eldre søster og landsbyens sjaman – Ruri!
