I 'Dune Messias', den imponerende oppfølgeren til den legendariske science fiction-klassikeren 'Dune', har det nå gått tolv år siden Paul Atreides' triumf over Harkonnen-huset. Paul sitter på keisertronen, men hans seier har medført en rekke ødeleggende konsekvenser. Krigen herjer nå i alle hjørner av det kjente universet, hvor milliarder av liv har gått tapt. Til tross for at Paul har fått tittelen som den mektigste keiseren gjennom tidene, er han maktesløs i sin kamp for fred. Tidligere venner og allierte konspirerer mot ham, og til og med de nærmeste rundt ham viser seg å være utålelige trusler. I sin søken etter fred tar Paul imot en innviklet gave fra tleilaxerne, i håp om å vekke gnisten av samarbeid og forståelse. Men dette valget viser seg å undergrave hans støtte blant folket, frimenene. Når situasjonen forverres, står Paul overfor en umulig beslutning: Hva er viktigst – tronen, hans livsledsager, hensynet til sitt folk eller hans egen skjebne, i en tid hvor hele universets fremtid henger i balansen?
