I sin søken etter å unnslippe hjemverdenen som er i ferd med å gå under, er ThunderCats på flukt gjennom rommet. Under reisen blir de angrepet av sine dødelige fiender, Mutantene fra Plun-Darr. Etter å ha måttet omdirigere sitt skadede flaggskip til en planet kalt Third Earth, må de overlevende ThunderCats nå forsøke å gjenoppbygge sitt samfunn i harmoni med de innfødte på denne nye verden. Men Mutantene, som er fast bestemt på å erverve seg ThunderCats' mystiske juvel, Øyet av Thundera, har oppdaget deres skjulested — og de har også inngått en allianse med Mumm-Ra, den djevelske presten fra Third Earth! Nå må ThunderCats, under ledelse av den uerfarne Lion-O, samle seg som aldri før for å beskytte sitt arvegods mot denne kombinerte fienden. Vil de klare å stå imot angrepet fra Mumm-Ra, den Evige Levende, når han setter sine øyne på dem? Dekon Shalvey og Drew Moss, begge ekte ThunderCats-entusiaster, slår sammen sine talenter som forfattere og kunstnere for å bringe dette spennende nye tilskuddet til ThunderCats-universet til liv.
