Basert på den populære TV-serien STARGATE ATLANTIS, tar "STARGATE ATLANTIS: Allegiance" leserne med inn i en spennende ny fase etter den dramatiske avslutningen av serien. Kolonel Sheppard og teamet hans står overfor en sjokkerende oppdagelse om Rodney McKays skjebne. Mens han er fanget av Wraith og tilsynelatende jobber for dem, må teamet trekke seg tilbake til Atlantis for å omgruppere. Atlantis står overfor en ny trussel - en mann fra deres egne rekker, nå vendt mot dem. Mens Zelenka og kolonel Carter arbeider intenst med å bryte sikkerhetsprotokollene som McKay har integrert i Atlantis sitt datasystem, ser Ronan tilbake på sin fortid og oppdager at mye har endret seg på Sateda. Samtidig forbereder Dronning Død seg på å utnytte sin mest verdifulle fange. Med Rodney fortsatt uvitende om sin virkelige identitet, henger framtiden til Atlantis i en skjør balanse. Dette er den tredje boken i den spennende Legacy-serien som utvider universet kjent fra TV-serien.