I en verden der en rekke grufulle mord blir avdekket, fører sporene tilbake til Stargate Command - og langt utover. Dr. Elizabeth Weir, oberst John Sheppard og Dr. Rodney McKay blir kalt tilbake til Stargate Command, der de blir presentert for sjokkerende videomateriale som viser et Wraith-angrep som finner sted på jorden. Mens McKay, Teyla og Ronon undersøker den urovekkende muligheten for at mennesker kan ha Wraith-DNA, blir Sheppard satt sammen med Dr. Daniel Jackson fra SG-1. Sammen følger de morderens spor fra Colorado Springs til de krigsherjede gatene i Irak, hvor de avdekker en skremmende sannhet. Mens en gammel kult forbereder seg på å iverksette sin dødelige plan mot menneskeheten, avhenger Sheppards overlevelse av hans evne til å stille spørsmål ved alt som er blitt trodd om Wraith.
