Når Dr. Carson Beckett forstyrrer hvilen til to lange-døde Ancients, er Lanteas eksistens i fare. Oberst John Sheppard leder sitt team på en risikofylt leting etter den gamle enheten som kan redde Atlantis. Under sin søken gjør de en oppsiktsvekkende oppdagelse av et menneskelig eksperiment som kan bli deres frelse. Men teamets fordommer fører dem til å begå en fatalt feilvurdering, noe som kan få katastrofale konsekvenser for både dem og Atlantis.
