I dypet av Atlanterhavet trues Atlantis av eksotisk sjøliv når de mystiske skapningene begynner å angripe byen. Colonel Sheppards team oppdager at disse blekksprutlignende skapningene ikke bare er intelligente, men også i stand til å kommunisere. Som et offer for den antikke vitenskapsmannen Janus, avdekker de at de ble bortført fra sin egen verden for mange århundrer siden og ber Atlantis om hjelp til å komme hjem. Villige til å bidra, reiser Sheppard og hans mannskap til skapningenes hjemland, kun for å finne ut at den innfødte befolkningen er fiendtlige til deres slektningers retur. For å gjøre situasjonen enda mer kritisk, oppdager de en Genii-gjenopprettingsoperasjon i havet, som ikke bare truer skapningenes habitat, men også deres overlevelse. Mens de konfronteres med fiendtlige forhold både ovenfor og under vann, må Weir og Sheppard forhandle om et hjemkomst for sine nye venner og skape fred med Genii før falt er tynget av spente forhold som kan føre til en blodig konflikt som kan utslette dem alle.
