I den skjøre freden som følger etter dronning Døds nederlag, ankommer Dr. Daniel Jackson Atlantis for å dykke ned i ekte arkeologi. Men som alltid går ikke ting som planlagt. Oppdagelsene han gjør utfordrer både hans egen forståelse av historien og de skjulte hemmelighetene i Atlantis. Med spennende vendinger og intriger, fører dette til en reise som tester hans mot og evner i møte med uventede farer.
