I "Flowers of Evil - Complete 2" følger vi Takao, som står overfor en vanskelig beslutning: han vil forsøke å vinne hjertet til en av sine muses. Denne oppgaven viser seg å være alt annet enn enkel, ettersom tenåringene nå er preget av traumer og indre konflikter. Takao lengter etter en utopi, et perfekt øyeblikk som bare kan deles med sin eneste venn, i de stille rismarkene i hans hjemby på landet. Men situasjonen tar en dramatisk vending når Takao og Nakamura blir feilaktig anklaget for en forbrytelse. De lokale myndighetene ønsker å knytte all den merkelige oppførselen som har preget denne lille byen til de to tenåringene. Vil det å bli behandlet som utstøtte i sitt eget samfunn hindre dem i å krysse over til en ny verden?
