I 'Nattsvart och underbart' følger vi Yoko, som oppdager at livet blir tryggere når hun deler sengen sin med den elskverdige hunden Piphunden. Den nye familiemedlemmet gir henne trygghet, men bekymringene hoper seg opp. Yokos beste venninne, Anna, tilbringer mer tid med Belle, og Yoko begynner å undre seg om hun fortsatt er Annas beste venn. I tillegg er hun forvirret over sine egne følelser for Daniel. Samtidig er det en bekymring som lurer i bakgrunnen: Farfar begynner å miste hukommelsen, og Yoko frykter at han en dag vil glemme hvem hun er. I klassen hennes begynner den nye jenta Joy, som raskt fanger oppmerksomheten til guttene med sitt nydelige utseende. Når Joy inviterer til fest og ikke inkluderer Yoko, kommer følelser av avvisning opp til overflaten. Og som om ikke det var nok, opplever Yoko den pinlige situasjonen der moren hennes holder seksualundervisning for klassevennene. I denne forvirrende tiden finner hun trøst og et fristed i Nattboken sin, hvor hun kan uttrykke sine innerste tanker og følelser.
