Å bryte naturens lover er en alvorlig forbrytelse! I et alkemisk rituale som gikk fryktelig galt, mistet Edward Elric både arm og bein, mens hans bror Alphonse ble redusert til å være en sjel fanget i en rustning. Med sine mekaniske "auto-mail" lemmer, blir Edward en statlig alkemiker, og hans livs mål er å finne den enestående Filosoferstenen som kan gjenopprette kroppene deres. Midt i det pågående oppgjøret mellom Greed og King Bradley, gjør den gåtefulle homunculus "far" sin inntreden under Sentralbyen. For å oppnå sine mål, må han presse Mustang til å ta et ubegripelig valg. Samtidig får Alphonse muligheten til å gjenerobre sin egen kropp, men prisen for å oppnå dette kan vise seg å bli for høy.
