Når et alkemisk rituale går galt, mister Edward Elric både lemmer, mens broren hans blir fanget i en rustning. Dette tragiske resultatet setter Edward på en episk reise for å gjenopprette det som ble tapt: den legendariske Filosoferstenen, et objekt med utrolig makt som kan gi liv tilbake til det som er tapt. Han står overfor utallige utfordringer og fiender, samtidig som han oppdager hemmeligheter rundt alkymiens verden og hva som virkelig kreves for å oppnå det umulige.
