Året er 2144, og kampen om Jordens dyrebare ressurser har pågått i over hundre år. Global økonomi ligger i ruiner, og en total verdenskrig er mer enn bare en mulighet. Den amerikanske regjeringen har derfor vendt seg til Union Aerospace Corporation og gitt dem frie tøyler på den legendariske røde planeten Mars. Dette er en desperat strategi for å etablere en utpost utenfor Jorden som kan gi tilgang til nødvendige ressurser og militære fordeler, i tillegg til noe så hemmelig at selv medlemmene av regjeringen ikke har noen anelse om hva det innebærer. I sentrum av historien finner vi Special Ops Marine Lieutenant John Kane, en mann som en gang var fokusert på sin karriere og ikke hadde noen interesse for politikk, så lenge han fikk sin lønn fra onkel Sam. Men alt endrer seg når han lytter til samvittigheten sin og trosser en direkte ordre. Som en konsekvens blir Kane degradert til soldat og blir tildelt oppdraget hos 'U.S. Space Marines' – den private hæren til UAC – med den nedslående utsikten om å bli lite mer enn en glorifisert vaktsoldat på Mars. Nå bringer skjebnen til Lt. Kane ham til Mars City, hvor utfordringer og hemmeligheter venter.
