Halo: Silent Storm: A Master Chief Story er en original roman satt i Halo-universet, basert på den bestselgende videospillserien. Handlingen finner sted i året 2526, ett år etter at menneskeheten opplevde sitt katastrofale første møte med Covenant, en teokratisk militærallianse bestående av ulike fremmede raser. Etter at fiendtlighetene har eskalert til åpen krig, står United Nations Space Command (UNSC) overfor en ukjent fiende. Det eneste som er klart, er at Covenant er fast bestemt på å utrydde menneskeheten, og at de har teknologien til å gjøre det. UNSCs håp hviler på Spartans, forbedrede supersoldater oppdratt fra barndommen gjennom hemmelige operasjoner for å bli levende våpen. Deres kommandant, Petty Officer John-117, får i oppdrag å lede Spartans i et desperat motangrep som har som mål å gi Covenant en overraskelse og gi menneskeheten nødvendig tid til å samle informasjon og forberede sine forsvar. Men alle er ikke enige om strategien...