I 'Goodnight Punpun, Vol. 3' fortsetter historien om Punpun Onodera, en ung gutt som navigerer gjennom de vanskelige aspektene ved oppvekst. Livet hans er preget av kaos og usikkerhet; foreldrenes ekteskap er i oppløsning, faren sitter i fengsel, og moren er innlagt på sykehus. Punpun tvunget til å bo hos sin udugelige onkel, mens han samtidig prøver å forstå sine egne følelser, spesielt sin tiltrækning til en jente som tilhører en merkelig kult. Punpun henvender seg ofte til Gud i sitt søk etter svar, men møter bare motgang og skuffelse. I likhet med et typisk tenåringsliv er Punpun nå en del av det beste videregående skolen i byen, hvor han overskygger sine bekymringer med studier og akademisk suksess, men lengter etter noe mer. Han drømmer om at en meteor skal krasje på jorden og redde ham fra den grusomme virkeligheten. Gjennom sitt indre kaos, viser 'Goodnight Punpun' en gripende skildring av ungdomsår fylt med håp, nederlag og den konstante søken etter mening.
