Goodnight Punpun, Vol. 4 følger den dype og mørke utviklingen til Punpun Onodera. I denne coming-of-age-historien opplever vi utfordringene i hans liv: foreldrenes ekteskap er i oppløsning, faren hans sitter i fengsel, og moren er innlagt på sykehus. Punpun blir tvunget til å bo med sin underlige onkel. Han har også et svært komplisert forhold til en jente som er med i en merkelig kult. Betraktningene mellom Punpun og Gud blir heller ikke til noen hjelp, da Gud viser seg å være alt annet enn nådig. Trass i at Punpun holder fast ved håpet om en bedre fremtid, er det tydelig at omstendighetene bare blir verre. Nå står han der alene: moren er død, faren er hjelpeløs, og hverdagen hans består av dårlige deltidsjobber og ensomhet på romgulvet. Men oppmuntringen er klar: "Hold ut, Punpun! Det er bare for resten av livet, ikke sant?"
